Designación prestigiosa
En julio de 2006, dejó a los Senators y firmó con los Boston Bruins como agente libre. Antes de jugar su primer partido con su nuevo equipo, fue nombrado el capitán No. 18 dentro de los 82 años de historia de los Bruins. Tomó el puesto que había quedado vacante con la salida Joe Thornton un año antes. "Las cualidades de liderazgo de Zdeno han sido evidentes desde el momento en que se unió a los jugadores antes del campamento de entrenamiento", dijo el gerente general del club de ese entonces, Peter Chiarelli. "Lidera con el ejemplo, tanto dentro como fuera del hielo. Se ha ganado el respeto de todos en nuestro vestuario".
El 25 de enero de 2009, fue seleccionado para participar en su cuarto Juego de Estrellas de la NHL. Pero fue la primera vez que fue elegido para formar parte del equipo estelar.
Terminó la campaña con la cantidad de goles más alta de toda su carrera hasta este momento al encajar 19. Su tremenda actuación le valió ser galardonado con el Norris Trophy. Destronó a Nicklas Lidstrom, quien había ganado el premio en tres torneos al hilo.
Primer Triplete
Tras 892 juegos en la NHL, logró el primer Hat Trick de su carrera. Colectó sus tres tantos el 17 de enero de 2011 en lo que fue un triunfo de 7-0 sobre los Carolina Hurricanes. "Es un sentimiento conmovedor y sobre todo, uno feliz", dijo Chara. "Es algo muy especial… algunos de los mejores jugadores han tardado mucho para conseguir su primer Hat-Trick. Por ejemplo, Nicklas Lidstrom lo hizo después de 1300 juegos".
¡Finalmente campeón!
El 15 de junio de 2011, alcanzó la gloria cuando los Bruins conquistaron su primer título de la Stanley Cup desde 1972 después de doblegar 4-0 a los Vancouver Canucks en el Juego 7 de la Final. Se convirtió en el segundo jugador europeo y primero de Eslovaquia que levanta la copa como capitán.
El 13 de enero de 2020, se afianzó como leyenda de los Bruins al participar en su partido No. 1,000 con el equipo. Lo hizo jugando ante los Philadelphia Flyers. Se convirtió en el sexto jugador de Boston que lograba este hito. Se unió a Ray Bourque (1,518), Johnny Bucyk (1,436), Patrice Bergeron (1,065 en ese momento), Don Sweeney (1,052) y Wayne Cashman (1,027).