New York Islanders varasi Charan vuoden 1996 NHL Draftissa kolmannella kierroksella 56. vuorolla. "Big Z" aloitti uransa Islandersissa, jossa hän pelasi neljän kauden ajan. Islanders kauppasi hänet kuitenkin Ottawa Senatorsiin 23. kesäkuuta 2001. Hän allekirjoitti viisivuotisen sopimuksen Bruinsin kanssa 1. heinäkuuta 2006, jonka jälkeen hänet nimettiin seuraavalla kaudella joukkueen kapteeniksi.
Chara pelasi Bruinsissa 14 kautta, joiden aikana joukkue selvisi pudotuspeleihin 11 kertaa. Hän on tahkonnut Bruinsin pelaajista kuudenneksi eniten otteluita (1 023) ja kirjauttanut seuran puolustajista kolmanneksi eniten tehopisteitä (481). Edellä ovat vain Hall of Fame -legendat Ray Bourque (1 506) ja Bobby Orr (888).
Chara oli vanhin pelaaja, joka pelasi Pohjois-Amerikan viidessä suuressa ammattilaissarjassa (NHL, NFL, NBA, MLB ja MLS). Hän keräsi NHL-urallaan 680 tehopistettä (209 maalia ja 471 syöttöä) sekä plus-miinuslukeman +301. Chara ehti edustaa NHL:ssä Islandersia, Senatorsia, Bruinsia ja Washington Capitalsia.
Seuraavassa on aikajana Charan NHL-uran huippuhetkistä:
22. kesäkuuta 1996:Dukla Trencinin riveissä Slovakiassa pelaava 19-vuotias Chara varataan NHL:ään. Islanders varaa hänet St. Louisin Kiel Centerissä järjestetyssä NHL Draftissa. Chara muutti varauksen jälkeen Pohjois-Amerikkaan, jossa pelit jatkuivat kaudella 1996-97 WHL:ssä Prince Georgen joukkueessa.
19. marraskuuta 1997:Slovakkipuolustaja aloittaa kauden 1997-98 Kentuckyssa AHL:ssä, mutta saa kutsun Islandersin NHL-joukkueen matkaan marraskuussa. Hän tekee NHL-debyyttinsä Joe Louis Arenassa, jossa Bruins kaataa Detroit Red Wingsin maalein 3-2. Hänet nostetaan NHL-kokoonpanoon kauden aikana kolmesti, ja yhteensä otteluita kertyy Islandersissa 25. Ensimmäisen NHL-tehopisteensä hän kirjauttaa 15. huhtikuuta 1998, kun hänelle merkitään syöttöpiste Islandersin haastaessa paikallisväännössä New York Rangersin.
29. tammikuuta 1999:Chara aloittaa kautensa AHL:ssä Lowellin joukkueessa, mutta pääsee takaisin Islandersin mukaan marraskuun lopulla. Tällä kertaa hän saapuu Islandersin jäädäkseen. Tammikuulle osuu myös ensimmäinen useamman tehopisteen ilta, kun hän kirjauttaa maalin ja syöttöpisteen Islandersin pelatessa 4-4 tasapelin Phoenix Coyotesin kanssa. Chara pelaa New Yorkissa 59 ottelua ja saa jääaikaa keskimäärin 18.54 minuuttia ottelua kohden. Tehopisteitä tilille tarttuu kahdeksan (2+6).