"Geno är borta i morgondagens match och missar även helgen på grund av en underkroppsskada", sa Penguins tränare Mike Sullivan efter att laget tränat på onsdagen.
Penguins gästar Boston Bruins på torsdagen i deras sista match innan helgens All Star-event.
Malkin har 22 mål och är i delad ledning med Sidney Crosby i lagets poängliga med 54 poäng den här säsongen.
Även om Sullivan inte sa var skadad skedde, fick Malkin en tackling av Joel Edmundson under matchen mot St. Louis Blues i PPG Paints Arena på tisdagen. Han visade tecken på smärta och kunde inte lägga någon vikt på sitt vänstra ben men avslutade ändå matchen. Sullivan säger att Malkin kommer att undersökas under uppehållet.
"Vi har säkert mer information efter det", sa Sullivan.
Penguins meddelade också att Patric Hörnqvist kommer vara borta från dag till dag med en underkroppsskada.
