Peters avgång kommer fyra dagar efter NHL och Flames meddelade att de inlett en undersökning gällande påståendet att 54-åringen ska ha använt sig av rasistiskt språk mot en spelare för drygt tio år sedan.
Assisterande tränare Geoff Ward, som stod i båset när Flames tog en 3-2-seger på övertid mot Buffalo Sabres under onsdagen, blir Peters ersättare.
- Det vi handskats med de senaste dagarna har varit svårt och inget vi i Calgary Flames vill förknippas med, säger general manager Brad Treliving. Det har varit tufft, men vi kommer att gå vidare. Geoff Ward blir vår huvudtränare tills vidare. Jag träffade våra spelare tidigare under morgonen och vi är redo att röra oss framåt och fokusera på ishockey.
Följ oss på [Facebook och Twitter för ytterligare exklusivt material och NHL-nyheter!]
Akim Aliu, vald som 56:e spelare totalt av Chicago Blackhawks i 2007 års NHL-draft, gick under måndagen ut och förklarade att han utsatts för rasistiska påhopp under säsongen 2009-10.
Aliu nämnde visserligen inte Peters vid namn, men han spelade den säsongen för Chicagos AHL-lag Rockford - ett lag Peters tränade. Det var Alius första professionella säsong som ishockeyspelare och Peters tredje och sista med Rockford.
- Generellt sett kan vi väl säga att det finns acceptabelt och icke-acceptabelt beteende. Oavsett om vi menar i omklädningsrummet eller i samhället så utvecklas vi alla som individer. Vi vill att våra spelare ska känna sig trygga i vår miljö och jag tror det här kan bli en lärdom för oss alla. Förhoppningsvis kan detta, hur tufft det än varit, utvecklas till en positiv rörelse framöver.
Peters bad under onsdagen om ursäkt till Treliving för "kränkande språkbruk jag använde i ett arbetssammanhang för ett årtionde sedan" i ett brev som Sportsnet publicerade.
- Jag vet att mina ord givit upphov till både ilska och besvikelse och jag förstår varför, stod det att läsa i brevet. Även om det var en enskild händelse jag ångrade omedelbart därefter, tar jag ansvar för det jag sagt.
Peters kom till Flames den 23 april 2018 och gick 61-37-11 över två säsonger med klubben. Calgary slutade på första plats i Western Conference förra säsongen men åkte ut i första rundan av Stanley Cup-slutspelet mot Colorado Avalanche.
Peters tränade Carolina Hurricanes mellan 2014-2018 och har ett facit på 198-175-64 i NHL-karriären.
Ersättaren Ward kom till Flames förra säsongen efter tre säsonger i New Jersey Devils som assisterande tränare. Han har tidigare varit assisterande tränare i Boston Bruins mellan 2007 och 2014, och var med och vann Stanley Cup 2011.
- Geoff är en erfaren kille som varit med länge. Vi går igenom en skakig period nu och stabilitet är viktigt, säger Treliving.
- Geoff är en stabil man, en stabil tränare som känner spelarna och har en bra relation till dem. Han känns som rätt val.
NHL.com's fristående korrespondent Aaron Vickers bidrog till denna text.
