Penguins varasi Malkinin vuoden 2004 NHL Draftin toisena pelaajana. Hän on seuran kaikkien aikojen kolmanneksi tehokkain pelaaja (444+702=1146). Hän on myös maaleissa ja syöttöpisteissä mitattuna kolmantena. Pittsburghin kaikkien aikojen ottelutilastossa hän pitää toista sijaa 981 ottelullaan. NHL:n pudotuspelien kaikkien aikojen tilastossa Malkin on 14. sijalla tehoillaan 67+113=180.
Malkin valittiin NHL:n parhaaksi tulokkaaksi kaudella 2006-07 (Calder Trophy), minkä jälkeen hänet on valittu NHL:n arvokkaimmaksi pelaajaksi kaudella 2011-12 (Hart Trophy) ja samana kautena pelaajayhdistys NHLPA:n parhaimman pelaajan palkinnon saajaksi (Ted Lindsay Award). Lisäksi hän on voittanut NHL:n pistepörssin voittajalle annettavan palkinnon (Art Ross Trophy) kahdesti, kausina 2008-09 ja 2011-12.
Malkin on johdattanut Penguinsin kolmesti Stanley Cup -mestaruuteen, vuosina 2009, 2016 ja 2017. Vuonna 2009 hän voitti pudotuspelien parhaan pelaajan Conn Smythe Trophy -pystin.
Uuden sopimuksen myötä on todennäköistä, että Malkin pääsee päättämään uransa Pittsburghissa pitkäaikaisten joukkuekavereidensa Sidney Crosbyn ja Kris Letangin rinnalla. Crosbyn, 34, nykyinen sopimus päättyy kolmen vuoden päästä, ja Letang, 35, teki juuri uuden kuusivuotisen sopimuksen seuran kanssa.