Los 76 puntos en sólo 43 juegos, le permitió a Lemieux terminar con el promedio de puntos más alto por juego en la liga ese año y ocupó el tercer lugar en la votación del Trofeo Hart, entregado al Jugador Más Valioso de la NHL. Los Penguins llegaron hasta las Finales de la Conferencia Este en aquel año, gracias a algunos actos heroicos tardíos de Lemieux en la serie contra los Buffalo Sabres, antes de que finalmente cayeran ante los New Jersey Devils en cinco juegos.
El regreso a la pista con Pittsburgh, le permitió a Lemieux recuperar el estado físico para poder brillar a nivel internacional y es que a pesar de todos su logros, el delantero no pudo participar en los Juegos Olímpicos hasta el final de su carrera. Por ello, se tomó un tiempo libre con los Penguins en la temporada 2001-02 para estar más preparado físicamente para la cita olímpica y terminó anotando seis puntos en cinco juegos, para ser parte de un equipo soñado de Canadá que sin sorpresas, terminó llevándose al medalla de oro. Aunque su nivel en la NHL esa temporada no fue nada especial para sus estándares, la compensación de poder asegurar una medalla dorada y completar su vitrina de trofeos valió la pena.
Durante su tercera etapa en la liga, Lemieux no descuidó su trabajo en la oficina y fue el responsable de reclutar al actual capitán de los Penguins, Sidney Crosby, a quien el 3 de noviembre de 2005, le repartió una asistencia en la victoria 5-1 ante los New York Islanders. Cuatro años después, liderados por Crosby, Pittsburgh ganó su tercera Stanley Cup, la primera de tres (2016 y 2017) de Mario Lemieux como propietario.