Sin embargo, el 18 de octubre de 2006, Malkin debutó oficialmente en la NHL y en su presentación anotó su primer gol, ante los New Jersey Devils al miembro del Salón de la Fama, Martin Brodeur. El gran asombro que causó no paró ahí.
Malkin impuso una marca que sigue vigente, al conseguir un gol en sus primeros seis juegos en la NHL, algo que no sucedía desde que Joe Malone marcara un en sus primeros 14 partidos en la National Hockey Association, la antecesora de la NHL, así que técnicamente Malkin posee ese récord y con el mérito de haberlo logrado en la era moderna.
En su primera campaña con los Penguins, Malkin acabó con 85 puntos (33 goles, 52 asistencias) en 78 partidos, lo que le valió no solo ser incluido en el equipo ideal de novatos (NHL All-Rookie Team) sino también ganar el Calder Memorial Trophy, otorgado al Novato del Año en la NHL.
Ese año debutó en postemporada, participando en cinco juegos en los que dio cuatro asistencias, luego de que los Penguins cayeran 4-1 en la serie de primera ronda ante los Ottawa Senators.
Años dorados
Malkin dejó claro en su temporada de novato el tipo de jugador que era. Pero en su segunda campaña en la liga, la 2007-08, elevó más el listón, al registrar 106 puntos (47 goles, 59 asistencias) en 82 partidos y teniendo un gran impacto para Pittsburgh en el playoff.
En 20 juegos, Malkin sumó 22 unidades (10-12), ayudando a los Penguins a regresar a su primera Final de la Stanley Cup, desde 1992, pero el joven equipo de Pittsburgh sucumbió ante los experimentados Detroit Red Wings en seis encuentros y no pudieron completar el trabajo.
No obstante, Malkin y los Penguins regresaron más fuertes un año después. Empezando por el espigado delantero ruso a quien apodan 'Geno', ya que compiló una de las mejores temporadas en su carrera, al registrar 113 puntos, su máximo total en una campaña, producto de 35 goles y 78 asistencias.