Thornton nehral od sezóny 2021-22, keď si pripísal 10 bodov za päť gólov a rovnaký počet asistencií v 34 zápasoch NHL za Florida Panthers. V deviatich ich vystúpeniach v play off bol zdravý náhradník. Po skončení ročníka Thornson vyhlásil, že o svojej budúcnosti ešte nemá jasno.
"Teraz som na to vôbec nemyslel," vyhlásil Thornton v máji 2022, keď Panthers vypadli v druhom kole Východnej konferencie s Tampa Bay Lightning. "Myslím si, že je to ešte príliš rýchlo. Nečakal som to. Prekvapilo ma to, takže sa určite porozprávam s rodinou a uvidím, aký je náš ďalší plán. Ešte som sa nerozhodol, či hrať alebo nie, ale porozprávame sa a uvidíme, ako to budeme všetci cítiť."
V roku 1997 si ho Boston Bruins vybrali ako jednotku draftu. V historickom poradí NHL je dvanásty s 1539 bodmi za 430 gólov a 1109 prihrávok, siedmy v počte asistencií a šiesty s 1714 odohranými zápasmi. Hral za Panthers, Toronto Maple Leafs, Sharks a Bruins. V play off nasstúpil na 187 duelov a nazbieral 134 bodov za 32 gólov a 102 asistencií.
V rokoch 2005 až 2020 strávil 15 sezón v San Jose. Dosiahol rekord Sharks v počte asistencií (804), je druhý v produktivite (1055), tretí v počte zápasov (1104) a štvrtý najlepší strelec (251). San Jose sa počas 15 rokov jeho pôsobenia trinásťkrát dostalo do play off. V roku 2016 postúpilo do finále Stanley Cupu, v ktorom prehralo s Pittsburgh Penguins v šiestich zápasoch.
Thornton získal Hart Trophy pre najužitočnejšieho hráča v NHL aj Art Ross Trophy pre najproduktívnejšieho hráča v sezóne 2005-2006, keď v 81 zápasoch za Bruins a Sharks nazbieral 125 bodov za 29 gólov a 96 asistencií. "Vnímam ako veľkú česť, že som mal možnosť hrať tak dlho. Neberiem to ako samozrejmosť," povedal Thornton v máji 2022. "Aby som k vám bol úprimný, tak nikdy nepremýšľam o tom, čo by bolo keby. Snažím sa žiť prítomným okamihom a ísť ďalej."