В тренировочном лагере, который открылся в июле, Пастрняк провел всего одну тренировку. После того, как НХЛ 12 марта приостановила сезон из-за пандемии коронавируса, хоккеист улетел домой в Чехию. Вернувшись в Северную Америку, ему пришлось сесть на карантин, из-за которого он пропустил первые два дня сборов. Пастрняку и его земляку Ондржею Каше пришлось во второй раз соблюдать карантин после того, как они решили покататься на коньках на одном из местных катков отдельно от команды.
"Конечно, нам не хватало его и Каше. Они присоединились к команде, и их форма была не в лучшем состоянии. Все это создавало некоторые сложности, - сказал Кэссиди. - Но так сложились обстоятельства. Обычно в распоряжении хоккеиста есть целый сезон, чтобы догнать команду, если он пропустил пару дней в начале. Сейчас такой возможности не было".
Пастрняк не набрал ни одного очка в круговом квалификационном турнире, где "Брюинз" проиграли все три встречи, опустившись в результате с первого места посева в плей-офф на четвертое. Против "Харрикейнз" Пастрняк провел два матча, в которых забросил две шайбы и отдал две результативные передачи. В пяти играх против "Лайтнинг" нападающий отметился шестью (2+4) очками. Одну из шайб он забросил в пятой встрече.