Entre 2007 et 2011, Clément Jodoin a complété quatre saisons au poste d'entraîneur-chef de l'Océanic de Rimouski dans la LHJMQ. Sous sa férule, l'Océanic a compilé un dossier de 140-112-8-5 en 265 matchs en saison régulière. En 2008, à titre de pilote de l'Océanic, il a été sélectionné pour être l'un des entraîneurs adjoints d'Équipe Canada qui allait être médaillée d'or du Championnat du monde junior, tenu en République tchèque. Jodoin a remporté deux autres Championnats mondiaux des moins de 20 ans dans ce rôle en 2006 et 2007.
Avant de se joindre à l'Océanic, Clément Jodoin a dirigé les MAINEiacs de Lewiston de 2004 à 2007 et lors de sa dernière campagne à la barre de cette concession, il s'est vu décerner le trophée Brian-Kilrea, remis à l'entraîneur par excellence de la Ligue canadienne de hockey, après avoir remporté la coupe du Président de la LHJMQ et mené ses troupes au tournoi de la Coupe Memorial. En 2007, toujours avec cette équipe du Maine, il a remporté une deuxième fois le trophée Ron-Lapointe comme entraîneur par excellence de la LHJMQ. Jodoin a également reçu le trophée Paul-Dumont à titre de Personnalité de l'année dans la LHJMQ en 2006.
C'est en 1983-1984 que Jodoin a amorcé sa carrière d'entraîneur et dès la saison suivante, il a mené les Patriotes de l'UQTR au championnat de l'Association sportive universitaire du Québec (1986), puis au championnat de l'Union sportive interuniversitaire canadienne (1987). Après une saison comme adjoint avec les Penguins de Pittsburgh, en 1987-1988, il est revenu à l'UQTR pour deux autres saisons, remportant le championnat de l'Association sportive universitaire de l'Ontario en 1990. Clément Jodoin a aussi travaillé au sein de l'organisation des Nordiques de Québec de 1990 à 1994, pilotant les Citadelles de Halifax de 1990 à 1992 avant de devenir entraîneur adjoint avec les Nordiques de 1992 à 1994.