Det var det sista Bobrovsky, som gjorde 36 räddningar i matchen, skulle släppa in.
I den tredje kom gästerna tillbaka. Nick Foligno krigade in reduceringen till 2-1 i en rörig situation framför hemmamålvakten Frederik Andersen efter 15:25, och Pierre-Luc Dubois kvitterade med 2:47 kvar på matchuret.
- Vi hade lite frustration över att vi inte gjorde mål, men vi bet i och pratade om det i omklädningsrummet efter den andra perioden. Vi hade chanserna och fick utdelning, säger Dubois.
Vändningen gör att Blue Jackets nu har tre segrar på sina fyra senaste matcher samtidigt som den gjorde att Leafs förlorade för första gången de senaste tre matcherna.
- Jag tyckte att vi gjorde en bra match. Vi spelade bra i åtminstone i 50 minuter och skapade chanser för att stänga matchen. Men det gjorde vi inte och de fick studsarna på sin sida för att kunna kvittera, säger Andersen som gjorde 30 räddningar.